Die Anfänge der Protestanten in Lyon ist tiefgreifend und verbunden mit dem Fortschritt der Stadt selbst. Im 16. Jahrhundert erlebte Lyon eine Periode des Calvinismus, wobei etliche Händler und gebildete Persönlichkeiten sich dem neuen Glauben zuwandten. Diese anfängliche Präsenz führte zu einer aktiven reformierten Kirche, die jedoch auch be